Przeciwnicy i zwolennicy GMO podnoszą wiele argumentów natury politycznej, ekonomicznej, religijnej i etycznej. Bardzo ważne są również aspekty ekologiczne uwolnienia GMO do środowiska. Wielu naukowców opowiada się za bardzo ostrożnym podejściem do oceny ryzyka przy wprowadzaniu GMO do środowiska, ponieważ nie dysponują jeszcze dostatecznym zasobem informacji, które pozwoliłyby na ustalenie ogólnych zasad oceny ryzyka.