Przeszczep mikrobioty jelitowej to dojelitowe wprowadzenie do organizmu zawiesiny bakterii wyizolowanych ze stolca dawcy. Jedynym wskazaniem do przeszczepu kału w Polsce jest nawracające lub oporne na leczenie zakażenie przewodu pokarmowego przez bakterie Clostridioides difficile. Skuteczność leczenia ocenia się na ponad 90%. Od niedawna tę metodę stosuje Szpital św. Łukasza w Bolesławcu.